元丰七年，苏轼四十九岁时，宋神宗为他恢复名誉，任为登州(今山东省蓬莱县)知事，仅十余日，又受朝廷之召出任礼部郎中。这年腊月调回京都开封，任起居舍人。元丰八年(公元1085年)三月，大力推行新法的神宗在位十九年后崩逝，年仅十岁的哲宗即位，高太后垂帘，大力提拨旧派人物，东坡奉召还朝，太后命坐赐茶，又撒御前金莲烛台送他回院。由于太后废除新法，政局的情势开始逆转，原为政权中枢的新法派群臣被排斥。司马光等昔日的重臣们又得以重新执政。后世史家称之为 "元枯更化"，旧法派继续当权执政。
　　第二年，苏轼晋升为中书舍人、翰林学士、知制语，同时兼任侍读。苏轼迸京后不到一年的时间，就升了三次官，但此时的苏轼已对做官没有兴趣了。人京以后，苏轼发现实施了十几年的新政，有一部分己经有相当的成果，司马光上台后，却不分青红皂白地完全废止，他有点不以为然。东坡本来也是反对新政的健将之一，但是他的言行和主张，是对事不对人的，现在他和王安石又有了进一步的交情，对新政也有了一定的了解，他的态度自然有所改变。他认为新政中的 "免役法"尤其出色，功在当代，利在千秋，力劝司马光采用，司马光坚决不肯。这样一来，保守派的人便说他是王安石的新法派了。可是新法派的也并不把他当作自己人，所以东坡便成为夹缝里的人物，两面都不讨好。
　　这年九月，旧法派的领袖司马光去世，使得旧法派四分五裂，陷人了丑陋的派阀之争。集宋朝理学之大成的程颐领导的洛党相苏轼等人的蜀党势不两立，朔党夹杂其间，也纠缠不清，派阀之争愈演愈烈，甚至涉及到对私事的诽谤。
　　元枯四年，苏轼想离开这个是非之地，便请调转任杭州叶知事，上任时，杭州人焚香列队欢迎，不料苏轼刚到任就遇到严重的天灾和病害。后来，他在此地修建了我国第一所公立医院。苏轼在知事任内修筑了与白居易的白堤齐名的西湖苏堤。元佑六年又奉召出任翰林学士承旨，并兼任侍读，但是遭到作风激进的朔党的排斥，不到几个月又被调任颖洲(今安徽省阜阳市)知事而离开朝廷，次年转任扬州(江苏省扬州市)知事。元佑七年(公元1092年)九月，苏轼又被召回朝廷，出任兵部尚书，十一月晋升为礼部尚书，这是苏轼从政以来的最高职位。

　　苏轼的职位越升越高，而对立的党派对他的攻击也愈演愈烈，甚至有人对其以前的文字狱(即乌台诗案)大作文章。郁郁寡欢的苏拭请奏调任江南之地，但末获批准。元枯八年九月，苏轼出任定州(今河北省定县)知事。同月，高太后崩逝，"元佑更化"也随之宣告结束了。
　　元佑八年九月，十八岁的哲宗开始亲政，重新推行其父神宗所主张的新法。政权又转移到吕惠卿等新法派人士的手里，于是又对旧法派展开了严酷的弹劾。绍圣元年(公元1094)四月，五十九岁的苏轼被指称诽谤朝廷，贬为岭外英州(广东省英德县)知事，六月，在转任英州的途中义受命流放惠州(今广东省惠州市)。在惠州的两年中，苏轼生活困窘，有时连酿酒的米也没有，吃菜也得靠自己种。可是苏轼这一辈子对磨难早就习惯了，他对这一切安之若素。他有两句诗写道:"为报先生春睡足，道人轻打五更钟。"即使身处遭人唾弃的岭外之地，也不因此而丧志，仍旧悠然地过着清贫的生活。 不料京城朝廷的奸人仍不肯罢休，再度以莫须有的罪名加害于他。这次苏轼竟被放逐到有天涯海角之称的儋州。儋州在海南岛，是一个人迹罕至，瘴疬丛生之地。而苏辙当时则被贬在雷州，两地间隔着海峡，两人要分手时，苏轼还打趣说:"莫嫌琼雷隔云海，圣恩尚许遥相望。"
　　到了儋州，苏轼一贫如洗，为了糊□，他连酒器都卖掉了。可是他没忘了读书，这一段时间他最爱读柳宗元和陶渊明的诗。他还常常带上个大酒瓢，在田野里边唱边走，作诗自娱。他还结交了不少平民朋友，闲了就去串门，跟野老饮酒聊天，还常常给乡邻看病开方。苏轼晚年流放海外的岁月很艰苦，但他仍然超然洒脱，并自得其乐。
　　元符三年(公元1100年)正月，哲宗崩逝，徽宗即位，大赦天下，皇太后向氏摄政，试图促成新旧两派的和解。五月，苏轼被赦免了流放海外之罪，并被提举为成都玉局观。在自惠州后七年的流放生活中，苏轼一家死了九口人，虽然生活对他如此残酷，垂暮之年的他依然乐观开朗、富有朝气。苏轼六月渡过琼州海峡返北，月在悍江边时，他吟诵道:"我心本如此，月满江不湍。"
　　百姓并没有忘记这位大诗人。苏轼北还，经过润州、前往常州时，运河两岸拥满了成千上万的百姓，他们随船前行，争着要看看这位久经磨难的大诗人的风采。然而，此时的苏轼因旅途劳顿早已染病在身。建中靖国元年(公元1101年)六月，苏轼卧病常州，七月二十八日，苏轼逝世，一代才子就此陨落，死时六十六岁。