瓦房店这个地方，从前是山沟里的一块涝洼地，长满了杂草、树木。中间部位有一条河，清朝时称为抱河，民国时改为回头河。

清朝时，复州管辖的区域是：东以碧流河与庄河为界，西至长兴岛西海岸，南至普兰店北部与金州为界；北至李官坟（民国时改称李官村）以浮渡河与盖州为界，东西宽约三百华里，南北长约二百华里，面积是很大的。

清初，复州境内人口很少，成立不了州和县，直到雍正十一年（1833）才在复州城设复州衙门。此后，复州城就成为复州政治、经济和文化的中心。农民买东西、兑钱粮（纳土地税）、闹矛盾打官司等都要进城去。那时碧流河以西部分农民进城，都要经过瓦房店这个地方。在农村里活动的小手工业者、小商贩以及来东北开荒或回老家探亲的农民也经常路过这里。

据说清朝光绪年间，今祝华办事处境内的祝店屯，有个姓曲的农民，他看路过瓦房店的客人越来越多有生意可做，于是就在复州通往庄河与旅顺通往盛京（沈阳）的交叉路口（今瓦房店市博物馆）盖起三间小瓦房开旅店。当时复州居民都住草房，住瓦房的人家很少，就连长兴岛的娘娘宫庙群里的天后宫都是草房。曲姓农民盖了一初瓦房开店，吸引了很多过往旅客。当时有没有店名无据可查，可是旅客们都称它为瓦房店。在旅客的传说下，这个店名逐渐变成了地名。但当时它的知名度还是很小，瓦房店这个地名真正传开，是在1898年以后。

1895年中日停战后签定了《马关条约》，俄、法、德“三国干涉还辽”以后，沙俄趁火打劫，于1898年3月27日，强迫清政府签订《旅大租地条约》，并于同年开始修建中清铁路南满支线（哈尔滨到旅顺），1901年建成通车，采用瓦房店名建成瓦房店火车站。从此以后，瓦房店这个地名就在国内外传开了，并载于地图中。