邵武任知县，时间匆匆而过，天启二年(1622)，袁崇焕遵照朝廷的规定，奔赴北京接受朝廷的政绩考核，此年他39岁，这次朝觐使袁崇焕命运发生了巨大改变。
    袁崇焕的主考官为监察御史侯恂，考核谈话时，袁崇焕把他在福建时对辽东前线情况的了解，以及与老兵所谈辽边方略，毫不避讳地说出来，并且真切地表现了自己对辽东边防以及国家前途的忧心。侯恂，河南商丘人，后官至户部尚书，是明末清流东林党成员之一，正是明末复社“四大公子”之一、清初文学“三大家”之一、《桃花扇》男主人公侯方域的父亲。侯恂可谓慧眼识英雄之人，不仅袁崇焕是他提拔的，此后的名将左良玉亦是他识中提拔的。他想不到一个地处东南的县令竞对辽东边事有如此深刻的了解和识见，对他的军事才能大为赞赏。恰好当时辽东边关急需人才，因此侯恂就想提拔袁崇焕从文官的知县转去从事与军事相关的工作。于是侯恂上疏天启皇帝，请求升袁崇焕，让其入兵部就职，疏称：
    东北边防之重镇镇武大营已经全部溃败，另一重镇广宁之存亡也在旦夕之间，若广宁不守，则山海关将受震撼，山海关不能巩固，则京城将受动摇，现在应当紧急救援广宁，以保卫京城门户——山海关，从而保护京师。保卫皇上，此事不可再有一刻之延缓。目前，谣言不断，人心不稳，兵部亦当出示榜文，告谕军民不得轻信讹言而纷纷逃窜，在此风鹤惊惶之时，更要镇定自若。此混乱之时，多奸细丛杂，缉防之令更需加以申饬。平祸定乱，必须借助有谋之臣、勇猛之将……现在朝觐之邵武知县袁崇焕，英风伟略，不妨留用在兵部供职。
    侯恂上疏后不久，袁崇焕即由七品知县升为六品兵部职方主事。袁崇焕的命运从此发生了巨大的转变，他人生的舞台即将从远离京城的东南地区转移到烽火弥漫的辽东战场，其英雄人牛即将开始。
    正如侯恂所言，袁崇焕在天启二年会被提拔，完全取决于当时的辽东局势。此时，辽东形势较之于袁崇焕高中进士的万历四十七年，即明军萨尔浒大败之时，已是越来越严峻，大有不可收拾之势了。
    万历四十七年(1619)，努尔哈赤率后金军取得萨尔浒之战的决定性胜利，随后更加大规模地对明军发动进攻。明王朝则在杨镐全军覆灭后，派出熊廷弼出镇辽东，任辽东经略。熊廷弼，万历二十五年(1597)乡试第一，次年即中进士。是有明一代文人出身中具有卓著声名的将领之一，常与袁崇焕、孙承宗并称明末三大将领，也是明末战事中一个悲歌式的英雄人物。史称他身长七尺，为一魁梧猛汉，甚至双臂能左右开弓，不仅胆识过人，还熟谙军事。熊廷弼在辽东防守上，避开了后金善于野战的优势，采取坚守城池的战略，边境数年平安稳定。但是他出任辽东经略之时，正是明朝万历帝驾崩，光宗继位不到一月又驾崩。天启帝继位之时，满朝文武卷入了“红丸”“移宫”案中，宦官魏忠贤乘机擅权，结成庞大阉党，并以莫须有罪名将不愿归附阉党的熊廷弼撤职，而以辽东巡抚袁应泰取而代之。袁应泰，亦是进士出身，是有明一代著名的水利专家，却极不熟悉军事，后金见强大的对手熊廷弼被罢离去。遂引兵进犯。
    泰昌元年(1620)，后金军队攻下开原、铁岭。开原、辽阳、广宁被视为明代东北三大军事重镇。本来，开原城东西北三面均面临女真和兀良哈蒙古，为东北最北边的要地。开原失陷，明军只有退缩辽阳、沈阳两座孤城。努尔哈赤攻陷开原后，命令军马就地放牧，待马肥之后继续出兵。八月二十二日，后金收复女真最后一支部落叶赫，统一了女真各族，解除了后颐之忧，势力更为强盛。
    天启元年(1621)三月初十日，努尔哈赤带领精兵数万从萨尔浒出发，准备进攻沈阳。明军沈阳守将为总兵贺世贤和尤世功(尤世功之弟尤世威、尤世禄亦是明末守辽将领)，结果贺世贤被努尔哈赤诱骗带兵出城野战，中箭而亡，尤世功出城营救，亦牺牲，努尔哈赤遂急攻，加之城内有奸细内应，沈阳失陷。
    努尔哈赤占领沈阳后，乘胜进发，再攻辽阳。辽阳是明朝辽东经略驻地，东北政治、经济、军事、文化中心。水利专家出身的辽东经略袁应泰当时就驻在城内，但他完全没有坚持熊廷弼坚守城池的策略，而是放弃固若金汤的辽阳城，令五路兵马出城拒敌，以己之短对敌之长。实际置明朝大军于死地。结果，三月二十一日，辽阳城陷，袁应泰自缢身亡。随后，努尔哈赤在辽阳设置汉官分管汉民，并且颁布剃发令，要求汉民剃发，以示归顺。同时，努尔哈赤将八旗户迁居辽东，迁都辽阳。
    辽阳失陷后，侯恂疏文中所称之“镇武营”等辽东边防地区就显得更为重要。时任辽东监军御史的方震孺就曾有疏文云：“镇武去广宁九十里，正当三岔河之冲，又可为柳河、张义站之援，贼不越镇武，决不敢深入，且沿河诸冲诚不能一一尽守，若只守镇武，须兵不过三万人耳”，意思就是只要守住镇武，努尔哈赤就无法继续向山海关方向深入过来了。不过，到袁崇焕进京接受考核之时，镇武营也已经失陷，辽东数十座城池均已失陷。
    不仅如此，袁崇焕人京之时，东北三大重镇中的开原、辽阳已经尽失，唯广宁孤城一座，仍在明军手中。广宁，为明辽东巡抚驻地。失去屏障与呼应之后，处境自然万分凶险。局势严峻异常，明朝廷再次起用熊廷弼为辽东经略，主持辽东军务，但是，得到兵部尚书支持的辽东巡抚王化贞却与熊廷弼矛盾重重，直接影响了战局的发展。天启二年(1622)正月，努尔哈赤进攻辽东最后一个重镇广宁，王化贞领兵14万，与后金军一触即溃，广宁总兵孙得功投降后金作为内应。王化贞率残部出逃山海关，熊廷弼率5000士兵殿后，终于护送10万残兵和城民逃人山海关。至此，整个辽东全数失陷，山海关直接面对后金。所幸，后金的军队与民众人数均不足以控制他们所占领的广阔的土地。天启三年(1623)三月，努尔哈赤下令掠夺广宁，然后毁城而去，收缩兵力，将精力全数放在辽阳、沈阳一带。
    东北三大重镇先后失陷，消息陆续传来，朝野震惊，满朝忧心忡忡。广宁失陷之时，经侯恂疏准，袁崇焕已经被任命为兵部职方司主事。
    袁崇焕任官兵部主事不久，广宁就告失陷，各种谣言纷起，人们更加不清楚局势到底严重到何等程度。朝臣们亦更加焦急，纷纷上疏，要求以重兵扼守山海关，以防后金长驱直人，京师不保。然而，袁主事上任不久，就失踪了。兵部找不到袁主事，都非常诧异，甚至连他的家人都不知其踪迹。
    几天之后，满脸疲惫却充满兴奋之情的袁崇焕回到衙门来。原来他忧急战情，单枪匹马跑出山海关，查阅山海关外的地势与情形去了。回来后，他细数关外详细情形，并声言：“给我军马粮饷，我一人足以守关外。”辽东边事虽然屡屡告急，但朝中诸臣真正出过关外的很少，努尔哈赤屡屡取胜的军队甚至被百姓称为“雄师”，当初杨镐被任命为辽东经略，拥兵数万，也拖拖拉拉不愿意出关，他们都视山海关外为雄狮猛兽之地，现存袁崇焕竟然敢一个人骑马出关，并探得诸多情报安全归来，朝臣们更是对他刮目相看。不久，他再次被提升为兵部佥事，授命监军关外，并发给其招募兵马费用20万两白银。