侯君集自少年时代就勇武为人称颂，隋末被李世民引入幕府，因作战有功，累迁左虞侯、车骑将军。唐高祖武德九年（626年）玄武门之变间，他曾为李世民出谋划策。
　　唐太宗即位后，任左卫将军，封潞国公，迁右卫大将军。贞观四年（630年），改任兵部尚书，检校吏部尚书，实际有宰相之职。
　　贞观九年（635年），任积石道行军总管，跟随李靖平吐谷浑，有很大功劳。贞观十一年（637年），改封陈国公。贞观十二年（638年），迁吏部尚书。侯君集武士出身，学术上没有造就，迁吏部尚书后方始读书。同年，吐蕃围松州（今四川松潘），唐授侯君集为当弥道行军大总管以击之。
　　贞观十三年（639年）冬，以侯君集为交河道行军大总管，率兵出击高昌王曲文泰。十四年（640年）八月，进围高昌时，曲文泰已卒，其子曲智盛投降，得22城，8046户，17700口。太宗以高昌故地置西州。侯君集入高昌时，因为自身私占钱财，不敢禁制将士竞相盗窃，班师后被人揭发而下狱。虽被免罪，却由于钦羡长官李靖武功卓越而晋尚书右仆射。此次不得拜相，对仕途心怀不满。贞观十七年（643年），洛州都督张亮密告侯君集煽动自己谋反，但太宗以缺乏旁证，未予追究。
　　后太子李承乾同魏王李泰争嫡日烈，各有党羽。侯亲善太子，策划兵变，事发被捕。定罪后，太宗于刑前，亲往质问，对以‘朕因汝从此不登凌烟阁’。侯闻言动容，拜倒大嚎，最后求皇帝念旧，允留侯门香火（当时论罪当族之）。太宗许赦免其妻及一子（后迁岭南），侯亦甘心受刑。
　　尔后太子与魏王俱被黜、仍保皇子身份，警示大位不可智取。某次太宗回忆前尘，召承乾问‘何以谋反’，承乾坦承‘欲保太子位耳’；再同群臣评论，多以‘事由上而起’，指若非太宗三心两意，子臣何以结党窥觊。太宗默然。

    附：（《旧唐书．列传第十九》）译文

　　侯君集，豳州三水人。生性矫揉造作，骄傲自负并喜好自我夸耀，玩弄弓箭却不能精通其技法，却以武勇自称。太宗做藩王时，把他引入幕府，多次跟随太宗征战，屡次升迁做了左虞侯、车骑将军，被封为全椒县子。渐渐地蒙受太宗的恩遇，参预谋划大事。李建成、李元吉被诛杀一事，侯君集出了很多主意，起了很重要的作用。太宗即位后，升任左卫将军，因为功劳大，加封为潞国公，赐给食邑一千户，不久又任命为右卫大将军。贞观四年，又升任兵部尚书，参议朝政。

　　当时朝廷将要征讨吐谷浑伏允，任命李靖为西海道行军大总管，让侯君集和任城王李道宗一起做李靖的副手，平定了吐谷浑回来。贞观十一年，与长孙无忌等人一起都受到了世袭封赏，朝廷授予侯君集陈州刺史之职，又改封陈国公。第二年，任命为吏部尚书，进爵位为光禄大夫。侯君集行伍出身，向来没有学问，等到被皇上重用后，才开始读书。主管官员的选拔事务，评定考核官员的政绩。出国门为将领，带兵作战；入朝廷则参预朝政，在当时都很有声望。

　　高昌王麴文泰当时禁止西域商人通行，太宗征召麴文泰入朝，他却称病不来，太宗下诏书任命侯君集为交河道行军大总管去讨伐他。等到大军到达碛口a-，麴文泰就死了，他的儿子麴智盛继位。麴智盛一点办法都没有，于是只有打开城门出来投降。侯君集分兵攻占各地，于是平定了高昌国，俘获了麴智盛及其将领官吏，立石碑纪功后返回。侯君集刚打败高昌时，还未曾奏请朝廷，就流配抄没无罪的人，又私自拿取宝物。将士们知道以后，也竟相地来盗窃，侯君集担心自己的行为暴露，就不敢制止别人乱来。到了京师后，有关官员向朝廷请求追究他的罪责，下诏将他打入狱中。中书侍郎岑文本认为，功臣大将不能轻易地加以屈辱，于是上疏请求赦免侯君集的罪过。皇帝看了奏章，才把侯君集释放了。

　　侯君集自以为讨伐西域有功，却因贪图钱财被囚禁，心中实在不痛快。贞观十七年，张亮以太子詹事的官衔外放洛州都督，侯君集故意激怒张亮说：“你为什么受到排挤呀?”张亮说：“你也遭到排挤，还要说谁冤枉呢?”侯君集说：“我平定一国，回来却被天子如此的责怪，怎么能受到这样的压制排挤?”于是捋起袖子说：“郁闷得活不下去了，您能造反吗?我将一定和你一起造反。”张亮悄悄地把这事报告给了皇上，太宗对张亮说：“你和侯君集都是功臣，侯君集单独和你说的话，没有别人听见，假若把他交给司法官员审理，侯君集一定会否认此事。两人互相对证，事情也说不清楚。”于是就把这件事压了下来，对待侯君集依然像从前一样。不久侯君集和其他一些功臣在凌烟阁上被画功臣像一起进行了表彰。

　　这个时候李承乾立为东宫太子，担心有朝一日被废而地位不保，又知道侯君集对朝廷心怀不满，于是就和他勾结起来一块谋反。侯君集的女婿贺兰楚石当时做东宫千牛，李承乾让他多次带侯君集进入东宫，向他咨询如何自保的办法。侯君集认为李承乾劣弱，想要乘机谋反，于是就帮助李承乾暗中图谋不轨，曾经举着手对李承乾说：“这是双好手，应当被您使用。”

　　等到李承乾谋反之事败露，侯君集也被拘捕，贺兰楚石又到朝廷告知此事。太宗亲自审问说：“我不想让那些办案的文吏来侮辱你，所以我亲自审问你。”侯君集无言答对。太宗对侯君集说：“和你永别了，从今以后，只能看到你的遗像了!”因此哽咽落泪。于是在十字路口杀了他，查抄了他的家产。侯君集临刑的时候，颜色不改，对监刑将军说：“我侯君集难道是反叛的人吗?只是失误受挫到了这个地步!然而，我曾经做过将领，灭了两个国家，也还有点小功劳。请替我向陛下求情，请陛下能为我留下一个儿子，将来能为我守孝扫扫墓，上上坟吧。”因此皇帝特赦他的妻子和一个儿子的死罪，流放到岭南。

    侯君集评价：

　　侯君集一生，起步平庸，但在争战年代，始终效命于唐太宗，所以能够平步青云，后来率军远征，克敌制胜，确实有功于国，然而他又弃前功而构后罪，贪赃任性，直至图谋造反。因此古人说：“君子立功，守以谦冲；小人得位，足为身害。”

　　侯君集也确有宰相之才，魏征就曾向唐太宗推荐过侯君集，让他任仆射，并说：“国家安不忘危，不可无大将，诸卫兵马宜委君集专知。”(《资治通鉴·卷第一百九十七》)但唐太宗认为君集喜欢自我夸耀，所以没有重用。

　　“侯君集摧凶克敌，效用居多；恃宠矜功，粗率无检，弃前功而罹后患，贪愚之将明矣。”(《旧唐书·侯君集列传》)

　　侯君集一直作为李世民的忠实追随者而备受器重。他和秦叔宝、尉迟恭不同，不是以骁勇而充当李世民的打手；他又和二李不同，他从头到尾都是秦府的人。同时，他的祖辈是关陇军事贵族集团中的成员，这也是他受信任的一个重要原因。

　　在玄武门之变中，侯君集扮演了一个非常重要的角色，促使李世民的最终决策，并且是李世民进入玄武门随行九人之一。史称“建成、元吉之诛，君集之策居多”。这从事后的封赏也可看出，侯君集食邑千户，仅次于尉迟、房、杜、长孙几人，而在诸将之上。（李靖当时是五百户）。贞观十一年，李世民封建功臣，侯君集被封为陈国公。

　　李世民即位后，侯君集一直握有很大的兵权。贞观四年，又以兵部尚书参与朝政而入相。他虽然出身行伍，但是被重用后，开始认真读书，后来他还担任吏部尚书主持典选，工作比较出色，得到舆论的好评。

　　侯君集在贞观时期参与了两次较大规模的战争。第一次是贞观九年由李靖总指挥的灭吐谷浑之战。他在此次战争中担任一支方面军的指挥官----积石道行军总管。战争初期，由于吐谷浑可汗慕容伏允实施坚壁清野的防御政策，致使数道唐军因补给不济而退保鄯州。这时，鄯州道行军总管任城王李道宗提出，“柏海近河源，古未有至者。伏允西走，未知其在，方马癯粮乏，难远入，不如按军鄯州，须马壮更图之”，侯君集以为不妥，他认为“王师已至，而贼不走险，天赞我也。若以精兵掩不备，彼不我虞，必有大利。若遁岨山谷，克之实难。”主张趁敌人未注意以精兵追击。这个提议得到主帅李靖的支持。果然，李道宗很快追上了伏允，大败之。后来李靖兵分二路，侯君集和李道宗负责南线战场。“君集、道宗行空荒二千里，盛夏降霜，乏水草，士糜冰，马秣雪。阅月，次星宿川，达柏海上，望积石山，览观河源”。李靖、李大亮等北上，李靖部将薛万彻等追伏允至图伦碛深处（今塔克拉玛干沙漠），成功结束了战争。

　　这次战争充分显示了侯君集清醒的战场意识以及较出色的指挥才能。

　　虽然侯君集后来担任过防御吐蕃的当弥道行军大总管等总指挥职务，但是最终另他成为李靖以后军队第一号人物的战争是贞观十四年灭高昌之战。