元朝初年，因族长仲德懋（南宋淳熙年间赴盛泽镇谒庙取谱的50代仲世成之子，与江南大宗血缘最近）滞留江南，其二位兄长仲德慤、仲德惠也同样不愿亲近蒙元，相继隐居不出。
金、宋相继被灭后，元世祖忽必烈诏圣贤子孙悉归故庐。随后，仲孝俊次子34代仲有的后裔49代仲虔，应元世祖忽必烈的诏求，主持横坊村仲氏族务。
仲有的后裔主持横坊村仲氏北庙，其实颇费不少周折。据台湾孟俞先生所查“国立政治大学”某善本记载：迄我朝初，济宁横坊村有唤仲虔者，称卫公四十九世嫡裔，世祖信之。然衍圣公孔治奏曰：“昔臣先祖南北分宗，寄南者为嫡。蒙衢州族兄存斋礼让，臣方报效吾主。仲氏实为大儒，吾主宜慎之。”仲虔曰：“贱民实为卫公嫡裔，因宋昏君南逃，金人入侵，吾祖隐逸。今上继大统，实为吾族之幸也。盼遵旧制敕封。”孔治曰： “吾祖为汝祖吾祖之师，故嫡长世系略同。然吾兄存斋为五十三世，汝为四十九世，何解？”仲虔辩曰：“避难使焉”。世祖愤而逐之。
族权落入亲蒙古势力的手中，仲世成的长子仲德慤及次子仲德惠岂能熟视无睹？受时局所限，他们只好忍辱负重，等待时机。
到了元朝的至正九年（公元 1349年），济宁路总管吕鲁重修横坊村仲氏北庙，此时主持北庙奉祀的，是50代仲衒，其父亲是49代仲虔，其祖父是仲宗实，乃34代仲有的后裔。
此时的中华大地，广大人民群众早已不满元朝政权的高压统治，准备揭竿而起。一时间，农民起义风起云涌。仲世成的长子仲德慤的后人积极行动，不幸遭到当局和族长的镇压，一件家族悲剧在横坊村上演。据新疆残谱记载：在封建族长仲衒的主持之下，“至正十一年（1351年），犯族规沉湖者六人：（已知52代）鹿、（可能53代）模糊、（已知54代）淮宽、（可能52代）模糊、（已知53代）昔、（可能54代）模糊……”这里面被沉湖的据说全是仲德慤的后裔，整个是一个灭门惨案，无怪乎后来仲衍在族谱序言中感慨道：“至元鞑如济，吾祖奉之焉。嗟乎，愧哉！族弟去岁主沉湖之举，岂非残害同门？嗟乎，哀哉！”。
由于这次事件引发族内斗争，仲虔之子仲衒的族长地位被族人推翻。至正十一年（1351 年）冬，仲衒的族兄、处事稳健的仲衍（父讳虞，祖讳宗宝），被横坊村族人推举为新的族长，随后按照家族惯例，前往吴江盛泽镇拜谒祖庙
仲衍的这次拜庙祭祖，受到了大宗主的热烈欢迎，并留宿数月。直到济宁横坊村的家书一再催促返程修谱，这才打点行装准备启程。临行前就修谱事宜请教大宗主，大宗主做了语重心长的嘱托。据仲衍回忆，大宗主说道：“卞里仲村，吾祖籍也。任城横坊村，吾旧里也。吾族聚济域者繁矣。粤自前汉季自卞流寓于济，已越千三四百载。开皇间，吾族家业中兴，支派益繁。自基祖南渡已逾六世，蔚成巨族，然思乡之情切也。凡所谓大宗、小宗，虽历代既邈，要之千万子孙之身，皆出祖宗一人之身也，是故素无贵贱尊卑之分。今修北谱，公务必事事亲为，毋懈、毋怠、毋疏、毋漏，合族人而增修之，以图世世相承，泾渭不紊，不失其真也。”。之后大宗主送给仲衍一套《仲氏统谱》，这是横坊村收到的第二部族谱。同时，大宗主还赠送了盘缠路费，一直将仲衍送到渡口，才依依不舍的洒泪道别。
回到故里后，仲衍以“南北一家亲”的宗旨来纂修北谱。并在序言中拨乱反正，客观评价了其祖事元的行为：“至元鞑如济，吾祖奉之焉。嗟乎，愧哉！族弟去岁主沉湖之举，岂非残害同门？嗟乎，哀哉！”并再次肯定了江南大宗的宗法地位：“古者‘怀德维宁，宗子维城；无俾城坏，无独斯畏。’先府君在世时尝谓余曰： ‘宗子迁吴已历年所。绍兴初，宋皇加赐庙额，宗祊有序，春秋祭祀仍其旧。凡我等介子毋得僭越。’今平江、镇江、杭州、扬州、高邮州皆有其裔。”
这一部谱，是在对横坊村先前的两次族人斗争进行了深刻的反思的前提下，并在吴江、横坊村两地族人的支持下，编纂完成的。后世称为《元至正十二年仲家浅村仲氏北谱》。从内容上看，这次修谱，以统谱、宋谱及族中齿录为据，编次成帙。其质量相当之高。可以说这是济宁仲家浅仲氏族谱的最高峰。值得一提的是，该谱首次提出了“江南大宗”的提法。“刚邑族众，江南大宗裔也。胡金驻济州，大宗遣人佯入刚邑胡军，戮其首，己亦遇难。子遂居焉。”，刚邑故城，即今之宁阳堽城。“江南大宗”在这里，系指迁居吴江盛泽镇49代大宗主仲基的后裔。
此后由于家族矛盾，济宁仲家浅在明、清两朝一度成为名利场，而谱志也成为了随意装点的小姑娘，屡经篡改，江南大宗的宗法地位也屡遭践踏，这种情况到了清朝更加严重，以至于形成了南北仲氏五六百年互不来往的尴尬状况。
明朝建立之后，亲蒙古派受到零落，仲德惠的后裔仲伯安成为仲家浅村的族长，由于家族矛盾升级，仲衍后裔53代仲符被流放新疆，今新疆库尔勒族人即其后裔，从此《元至正十二年仲家浅村仲氏北谱》流落新疆，长达近七百年。至今库尔勒仍保存有《元至正十二年仲家浅村仲氏北谱》，2010年库尔勒仲东玲登陆华夏仲氏网寻根问祖，无意间揭开了家族历史的黑幕，让许多人惊喜，也让一些人惊慌。
仲符的胞兄仲策也因避难而隐居杭州府仁和县。对这次迁徙，杭州仁和县仲氏族谱资料这样记载“仲氏之先出自季路，世居济宁之卞里。五十三传有策者，爲南京评事，徙居杭。又四传而爲仁和诸生发祥。发祥生璡，领天顺乙卯歳荐，爲四川宜宾令。璡生凯，领嘉靖庚子歳荐，不及仕而殁。”
此处需要提一下翰博对杭州仲氏来源的曲解，翰博对杭州仲氏来源最早发表看法，始于《柳州二贤祠碑记》，其中说到“宋靖康间，吾族稍稍散失，有讳基者，以武功授高邮判。建炎戊申，偕孔端友扈跸临安，杭之有吾族自基始。计先贤至基凡四十八传。又十传至琎，明成化进士，令宜宾，聚居仁和之弼教坊西，请之有司，立仲子庙以寄水木之思，春秋祭祀勿绝。甲申兵灾，庙祀中缺……苟不得一言以记之，……子若孙之流寓斯土者又将何以绵世守”这里面说宜宾县令仲璡是先贤仲子 58代孙是无误的，但是他并不是49代大宗主仲基的后人，而是53代南京评事仲策的后人。翰博强不知为知，为此编造出了一个“56代仲聚”专门收录江南族人，在稍后的《仲里志》里，53代南京评事仲策的后人便被张冠李戴，糊弄成了仲聚的后人，而将53代南京评事仲策派给了曹县仲氏作为始迁祖，其实53代南京评事仲策后裔只在杭州仁和县不在曹县，这个《元至正十二年仲家浅村仲氏北谱》已经说的很明白了，至于曹县仲氏始迁祖是谁，那就只有天知道了。
案例二：山东曹县出现仲氏
山东曹县仲氏定居于仲家堤圈，有谱。始迁祖为54代仲亭秀，仲54代仲亭秀育有三子仲桐、仲梓、仲相，聚居于邵庄乡仲堤圈。曹县仲氏赴济宁寻根时，曾被误接到53代南京评事仲策的名下。其误接始末前面已作考辨，不赘言。至于曹县始迁祖究竟是谁？代数是否准确？尚需进一步考辨。