学界一般以为战前的地方实力派因一致抗战而逐渐归顺中央，却忽略了另一现象，即一批军事将领借抗战之机坐大，甚至形成新的军阀割据局面。蒋介石固然喜欢越级指挥，而将领骄不受命，则是问题的另一面相。抗战初期，徐永昌就感慨：“在今日，命令电报所生之效果已微，今日惟有委员长亲与前方将领之电话或者有效耳。”]到抗战后期，情况更是如此：
    午前为章来述其消极意念，略谓委员长感叹无人负责办事，实由委员长自己造成，将领骄不受命，必委员长手令，才有几分几的效率，派出人员必侍从参谋，此全系不运用组织，自毁机构能力。
    而在何成濬眼中，战时地方军人势力的膨胀更为严重。他认为，高级将领借抗战之机扩张势力，以职位为地盘，造成外重内轻，中央权威失坠。他在1942年3月15日的日记中这样写道：“自抗战后，各省又渐由统一而变为割据，新式军阀较前之北洋旧军阀，尤为骄横，中央威信，远不如五年以前，无论如何措置，恐终难收圆满之效。”与徐永昌的看法相近，何成濬认为，“抗战军兴，以外力压迫太甚，前时所谓杂牌军队，大部分具有国家观念，一惟中央之命令是听，改编整理，毫无阻碍”；而另一方面，有四五省区高级将领，“视此为千载一时良机，乘中央无暇他顾，要挟欺骗，扩张其地盘，充实其军队，危害党国，破坏抗战于无形之中，此等败类，真擢其发不足以数其罪也”。何成濬尤其痛感桂系势力在抗战时期的膨胀，认为李宗仁的第五战区“最难应付”；中央政府对“广西事向不能过问”。张发奎也指出，白崇禧是真正拥有在广西决定一切权力的人，虽然他身在重庆，但他真正控制着广西省的党政军事务，是广西实际上的“灵魂”。中央连半个人都安插不到广西！人事牢牢控制在桂系首领的手中，甚至连陈立夫CC系的势力都不敢渗入广西的国民党。
    作为军法执行总监，名义上执掌全军最高军法，位高而权重，实际上何成濬深感其权力无法贯彻，如人事方面，“各战区军法执行监，编制虽直隶本部，应由本部派员充任，事实上除第七、第八两战区外，均系各长官保荐。盖各战区长官，不完全服从中央命令者，为数较多。若中央派人前去，非借故拒绝，即事事掣肘”。执法过程中，战区军事长官更是直接干涉，不能依法裁判。何成濬慨叹：“今日各战区司令长官，其骄横有过于明末四镇之黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清等，在其范围之官吏，倘与无私人关系，不陷之于罪戾，即排挤而去之，比比皆是，岂独一军法执行监耶！”
    熊式辉回忆，1943年7月的一次军事会报，议及军需，军政部长何应钦向蒋报告本年节省军费三亿元。蒋诘问：全年二百亿军费省出三亿，尚何足道？可见军需处长并未认真整理。何氏辩曰：军需处长岂能为力，整理之责，全在军师长，现在状况，军政部长令，且不为军师长所重视，有许多事改革不动。熊氏闻之，深有同感：“盖军中纪律如此，令不能行，禁不能止，要非一朝一夕所养成。军师长自视为天之骄子，有恃无恐，当然难于层层节制，责任犹在上层，若不速加整饬，势必日趋腐败”。
    抗战时期，地方军人势力的膨胀，与战区制有直接关系。事实上，战区和集团军不仅是军队的组织形式，同时也是国军各个派系在战时的存在形式。战区制以及让战区司令长官兼理行政（省主席）、党务（省党部主委），集军、政、党权力于一身，难免产生新的地盘意识和割据野心。于是乎，“各战区几成独立国，用人行政，均不遵照中央法令办理，中央亦无策制止之”；“兼军职之省主席，权力几无与伦比，事事不遵中央规定，形同独立；不兼军职之省主席，则受制于人，权力被削夺殆尽。”1943年沈鸿烈巡视西北七省归来，与熊式辉谈观感：军事长官不以训练及作战为重，好横干地方政治，地方官有如牛马。不仅如此，战区制对军事的统一指挥与协调作战亦有弊无利。丁治磐即多次痛陈战区制在军事上的弊端：
    我国抗日之役，划分若干战区，无异将一整个国家裂成若干小国，而演成联合军作战之状态。此战区被敌攻击而他区不能策动，兵力不能集中，意见不合一，故联合军之被击败，不少前例。