树桩盆景的盆钵内土壤有限，因而养分也有限，应注意肥料的补充。
树桩盆景因其小中见大的艺术特性，不可施肥太多、太频繁，要掌握施肥含量、种类，把握施肥季节。植物生长养分的三要素为氮、磷、钾肥，氮肥可促进树桩枝叶生长；磷肥可促进其花、果实形成；钾肥可促进茎干和根部的生长，所以选用肥料应根据树桩种类和其生长态势而确定。
需要使树桩枝繁叶茂，可多施氮肥类；需要树桩多出花果，则可增加磷肥含量；需要根干粗壮，发达时，则可多施钾肥。施肥方式一般又分迟效性施肥和速效性施肥。迟效性施肥一般是将有机肥粉碎、腐熟后按一定比例混入土壤中，在换土时，掺入盆中，让其慢慢提供养分；速效性施肥则是将有机肥或化肥稀释后，根据树桩的季节性生长需要进行施肥，但要注意，不可过浓，新栽树桩不宜进行此类施肥，雨天施肥，肥效流失，效果不好。