洪武朝的移民垦荒使农业有所恢复，又发生了“靖难之役”靖难之役战乱四年，又一次造成河北、山东等地的荒凉局面，破坏了洪武迁民刚刚恢复的社会经济。正如河北、山东等地大量的家谱，碑文以及众多的来信所说，燕王扫碑是造成永乐时迁民高潮的又一直接原因。

   洪武三年朱元璋分封诸王子到各大重要城镇。免有留京夺嫡的祸害。他的第四个儿子朱棣分封北京是为燕王。诸王中大多只是少数护卫兵力，而燕王多次受命巡边，英勇善战为此握有重兵。

   洪武二十五年四月，太子朱标病死，九月立太子嫡子朱允败为皇太孙。三十一年五月朱元章病死，传位于16岁的允煅为帝，次年改为建文元年。朱允败即位后以兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄为宠臣主持国事。当朝第一件大事就是对长他一辈的诸王势力极不放心，首先不准诸王参与朱元璋葬礼。这已引起诸王的耽心和不快。随后齐黄密商“削藩之策”，朱元璋死才一个月，先逮扑周王棉废为庶人，建文元年四月又以伪造钞币和擅自杀人的罪名欲逮扑湘王柏，湘王自焚而死。接着把齐王也废为庶人，软禁于京师，最后把代王废为庶人软禁于大同，齐黄经过一番策划准备削夺握有重兵的朱棣，并派张呙和谢贵等官驻北平洞察燕王。然而朱棣早有准备，一场皇家叔侄之间的内战就开始了。

   朱棣在北京看到这种形势，伪装重病，装疯弄傻，暗中却加紧练兵，建文元年六月下诏书严斥燕王造反。七月朱棣杀了北平左布政使张呙邾都指挥使谢贵等人，以“清君侧”的名义随即发兵率军南下，号称靖难之师，朱棣集山西、河北、山东30万兵力沿至南京一线展开激烈的战斗。燕王率兵从北京进取南京，所过河北、山东、河南、皖北、淮北等地，与政府军反复拉锯作战。

   根据《明史》记载，燕军在战争中，抢掠屠杀甚为严重，如“燕军掠真定、顺德、广平、大名”。在真定“斩首三万级”，自沟河一仗，燕王“乘风纵火，斩首数万，死者十余万人”。中原地区的一些老百姓由于正统的观念认为燕王是谋反，为此便帮助政府军自动抗击燕军，朱棣胜利，对忠于建文帝的军队百姓杀无遗类，河北、山东等一些族谱中记载：燕兵所至村城成墟，当燕王打到冀豫交界处时，遭到地方武装“十八村联庄会”的抵抗，燕王无奈转路攻取南京。后燕王把这一带人杀的只留狐、刘两家。山东临清县肖寨村光绪二十年定写的《李氏族谱》记载：“盖燕王请难兵起，在建文时南北构兵、南兵大军追袭，则南兵自南而北，北兵胜大军犯阙则自北而南，想尔时或杀、或刮、或逃，东西六七百里，南北近千里，几为丘墟焉。”建文四年六月燕军人南京，朱允般自焚也有说外逃。第二年1403年朱棣即皇帝位，改元永乐，永乐十九年又迁都北京。

   因此，“靖难之役”再次加剧了中原地区荒凉局势，民非杀即逃，这也是永乐移民的又一原因。

   根据历史文献记载，永乐时迁民有下列7条：

   (1)永乐一年八月，徙苏州等十府，浙江等九省富民实北京。

   (2)永乐二年九月，“徙山西太原、平阳、泽、潞、辽、沁、汾民一万户实北京”。

   (3)永乐三年九月，“徙山西太原、平阳、泽、潞、辽、沁、汾民一万户实北京”。

   (4)永乐四年正月，“湖广、山西、山东等县吏李懋等二百四十人，愿为民北京，命户部给道里费迁之”。

   (5)永乐五年五月，“命户部徙山西之平阳、泽、潞、山东之登莱等府州五千户隶上林苑监，牧养裁种，户给路费一百锭，口粮五斗”。

   (6)永乐十四年十一月，“徙山西、山东、湖广流民二千三百余户于保安州，免赋役三年”。

   (7)永乐十五年五月，山西平阳府、大同、蔚州、广灵等府州申外山等诣阙上言：“本处地饶且窄，岁屡不登，衣食不给，乞分丁于北京、广平、清河、真定、冀州、南宫等县宽闲之处，占籍为民，拨田耕种，依例输税，庶不失所。从之。仍免田租一年”。

   明朝建立后，仍沿袭元代“里社制”，在移民垦荒的国策下，实行军屯、民屯、商屯的移民垦荒制度。古大槐树处所迁之民，以及流民、贫民、罪囚建立民屯，均由各布政司编里发迁，或有的送户部编里发迁，所迁之民由后军都督押解送交迁往各地方州县辖治。被迁之民迁到各地后以屯田之区域分里甲，与土著有以社分里甲之别。也有迁民入社为籍的记载。河南省汲县明代迁民碑记载了迁民里长郭全之名为屯名。土著以社分里甲，迁民分屯之地，以屯分里甲，社民先占田亩广，屯民新占亩狭，故屯地谓之小亩，社地为之广亩。河南、河北、山东等地至今仍有不少村庄以姓和名命名的。如河南林县有崔家屯、刘家屯、和尚屯。辉县有赵宁屯、马正屯。河北省有的县村叫上耕，以迁民人姓氏为名，如卫上耕、赵上耕。民间流传“六个上耕六个庄，都是来自古槐旁”。也有一部分村名以迁民者的原籍命名的，如北京市郊区的长子营、赵城营、红铜(洪洞)营、蒲州营等，表明这些村庄的居民当年从赵城、洪洞迁去的。并以此分里甲。

   从“正史”资料来看，虽然并未明确提及在洪洞大槐树下集中迁民(这当然盼望能从未整理的明代档案中发现)，但是正史记载迁山西平阳之民却有数处，洪洞是平阳府人口最多的县，洪洞是迁民重点毫无疑问的。更重要的是千百万被迁之民记载了自己背井离乡的沉痛历史。五百年来，他们祖辈相传，均言祖籍洪洞，从大槐树下迁来，且有碑文、族谱记载。因此，明初在洪洞大槐树处迁民应得到它应有的历史地位。