仁山晚年曾创设“祇洹精舍”，为中国最早的僧学堂之一，门下弟子中，济济多士，欧阳竟无撰《杨仁山居传》，有谓：“唯居士之规模弘广，故门下多材，谭嗣同善华严，桂伯华善密宗，梨端甫善三论，而唯识法相之学有章太炎、孙少侯、梅撷云，蒯若木、欧阳渐，亦云伙矣。”杨仁山逝世于清宣统三年，世寿七十五岁。