擢镶白旗蒙古副都统，累迁兵部侍郎。命赴山东、湖南、湖北、河南谳狱，均称旨，调户部。五十六年，出为山东巡抚，岁祲，截留漕米三十万石，拨豫、东军船运米赈饥。调浙江，闽海渔船赴浙洋剽掠，吉庆於岛岙编保甲，禁米出洋，严缉代卖盗赃；兼署提督，获海盗陈言等，及临海邪匪李鹤皋，置之法。盐政岳谦执拗病民，劾罢之，遂兼盐政。
    嘉庆元年，擢两广总督，劾水师提督路超吉不胜任，贬超吉秩。二年，广西西隆亚稿寨苗匪句结贵州仲苗，窜踞八渡，率提督彭承尧进剿，克其要隘。黔苗潜渡百乐窥泗城，令副将德昌等分路攻扑，毁苗砦十有九；进攻亚稿，至戛雄遇贼，大败之。永丰、百乐等苗目渡江降，给酒食，令回寨招抚。亚稿山路陡峻，选精卒由间道潜袭，克其巢，斩首千级，以功加太子太保，赐双眼花翎。亚稿之捷，投诚者十馀寨，惟附近那地、小河、广平、蒙里等寨犹恃险抗拒，会云南兵至，会剿，尽克之。贼首龙登连父子乞降，粤境悉平。六年，命协办大学士、总督如故。吉庆居官廉而察吏疏，博罗县重犯越狱，司府徇隐；又通省赃罚银按县派徵，为臬司漏规。事并上闻，诏斥其因循。陈烂屐四者，於博罗山中纠众为添弟会，知府伊秉绶请发兵往捕，吉庆为提督孙全谋所蔽，未许。
    七年，陈烂屐四果剽掠作乱，扰及数县，遣师擒斩之。馀党曾鬼六复勾结永安诸贼相继起，吉庆驰往剿捕，请调江西兵二千为助。诏斥其张皇，始疑之。寻败贼於义容墟，曾清浩率众四千馀人缴械降。全谋擒贼渠薛文胜，暨匪众四百馀，悉诛之。事闻，帝以吉庆奏报前后不符，措置失当，罢协办大学士，留总督任，命那彦成往按。吉庆复奏永安降匪多，请留兵防范，诏斥结局，解任听勘。巡抚瑚图礼素与有隙，既奉密谕诇察，遂疏劾其疲软不职，那彦成犹未至，独鞫之，据高坐，设囚具，隶卒故加诃辱。吉庆恚曰：“某虽不肖，曾备位政府，不可受辱伤国体！”因自戕。帝闻，命那彦成陈状，寻以吉庆素廉洁，治匪有功，无故轻生，诏免追论。
    子寿喜，仍袭世职，坐事黜，以弟常喜嗣。