1999年10月,侯仁之获何梁何利基金年度科学与技术成就奖。获奖通告上说:“他是中国历史地理学的奠基人,从现代地理学的角度,提示了北京城的起源、发展和历久不衰的原因,对首都城市规划、水利建设、旧城改造、古遗址保护等作出了重大贡献。”这一年,对开创了将历史地理学运用于沙漠考察、城市考察和祖国开发建设的理论联系实际的新途径的侯仁之来讲,可谓双喜临门——12月,他获美国地理学会授予的“The George Davidson Medal(乔治·戴维森勋章)”。乔治·戴维森勋章是美国地理学会于1946年设立的国际地理学界权威奖项,用于奖励在太平洋及其大陆边缘地区研究方面作出杰出贡献的科学家。侯仁之是全世界获得此项国际荣誉的第六位著名科学家。2001年10月,又获得美国国家地理学会本年度“研究与探险委员会主席奖”。